技術(shù)原理

蛋白質(zhì)是生命活動(dòng)的主要承擔者，翻譯調控又是細胞內重要的調控方式。翻譯是核糖體讀取mRNA模板來(lái)指導蛋白質(zhì)合成的過(guò)程，是基因表達的關(guān)鍵步驟。翻譯的過(guò)程受到嚴格的調控，很多疾病與翻譯異常相關(guān)，比如神經(jīng)退行性疾病、貧血癥和發(fā)育障礙等。雖然核糖體的結構與功能研究的比較透徹，但是對于翻譯過(guò)程的調控機理還需要深入研究。

核糖體印跡測序(Ribosome profiling, Ribo-seq)，能夠詳細檢測體內的翻譯狀態(tài)。Ribo-seq的技術(shù)核心是識別與核糖體結合的mRNA以及正在被翻譯的約30個(gè)核苷酸。對核糖體結合的mRNA片段進(jìn)行測序，能夠精確記錄核糖體在翻譯過(guò)程中的位置。將轉錄組與Ribo-seq數據聯(lián)合分析，可以計算出蛋白質(zhì)的合成速率。

技術(shù)特點(diǎn)

Ribo-seq能夠揭示蛋白合成的時(shí)間、地點(diǎn)、位置、哪些蛋白質(zhì)正在被合成以及蛋白質(zhì)合成的調控機制。Ribo-seq搭建了從轉錄組學(xué)到蛋白質(zhì)組學(xué)之間的橋梁，已經(jīng)廣泛應用在動(dòng)物、植物和微生物的研究中，用于揭示生長(cháng)發(fā)育、形態(tài)建成、疾病發(fā)生、逆境脅迫響應的調控機制。

應用方向

Ribo-seq應用于研究轉錄本的翻譯活性、鑒定翻譯起始位點(diǎn)、ORF位置和蛋白質(zhì)的翻譯調控機制。

Ribo-seq技術(shù)已經(jīng)廣泛應用在動(dòng)物、植物和微生物的研究中，用于揭示生長(cháng)發(fā)育、形態(tài)建成、疾病發(fā)生、逆境脅迫響應的調控機制?？傊?，Ribo-seq能從基因組水平檢測蛋白質(zhì)的翻譯狀況，獲得正在翻譯的mRNA序列信息并解析翻譯調控機制。

藍景科信優(yōu)勢

實(shí)驗周期快、質(zhì)量高、結果穩定可靠。

豐富的物種經(jīng)驗。

實(shí)驗流程

分析內容

標準生信分析

（1）原始數據過(guò)濾與測序質(zhì)量評估

（2）比對去除核糖體RNA、tRNA、sRNA等

（3）Reads長(cháng)度分布統計與長(cháng)度過(guò)濾

（4）比對參考基因組

（5）測序飽和度分析

（6）RF在基因組上的分布統計與分類(lèi)

（7）三堿基節律分析

（8）翻譯基因統計與表達量分析

（9）樣本關(guān)系分析

（10）組間差異翻譯基因分析

（11）差異翻譯基因的GO和KEGG功能富集分析

Ribo-seq與RNA-seq的聯(lián)合分析

（1）翻譯效率計算

（2）Ribo-seq與RNA-seq的相關(guān)性分析

（3）翻譯效率與轉錄水平的關(guān)聯(lián)分析

分析流程

實(shí)驗案例

送樣要求

（1）細胞樣本：建議送樣量5×106-1×107個(gè)。

（2）動(dòng)物組織樣本：建議送樣量≥300 mg。

（3）植物組織樣本：建議送樣量≥500 mg。

樣本分組

至少2組樣品，包括對照組和實(shí)驗組，樣本數建議：3 Vs 3。

參考文獻

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